企业应将补充医疗保险在实际支付时并入员工的工资、薪金所得，扣缴个人所得税，所以应填写在当期的工资薪金收入中。

政策依据：《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）；《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号）。