丢失纸质机动车发票时，需要根据具体丢失的联次来处理：
①同时丢失已开具机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
②丢失已开具机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；
③丢失已开具机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。
参考文件：《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）第四条。