增值税一般纳税人勾选认证的通行费电子发票，填写在增值税申报表的：

【旧版增值税报表】增值税附表二（本期进项税额明细）第2栏“本期认证相符且本期申报抵扣”中；

【新版增值税报表】增值税附表二正表（本期进项情况明细表）第2A03栏“通行费电子普通发票”中。

参考文件：《交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局公告2020年第24号）第六条。