企业申报缴纳的水资源税账务处理如下：

借：税金及附加

贷：应交税费—水资源税

借：应交税费—水资源税

贷：银行存款

参考文件：《财政部关于印发《增值税会计处理规定》的通知》（财会[2016]22号）。