船舶吨税由海关负责征收。
小贴士：海关征收吨税应当制发缴款凭证。应税船舶负责人缴纳吨税或者提供担保后，海关按照其申领的执照期限填发吨税执照。
参考文件：《中华人民共和国船舶吨税法》（中华人民共和国主席令第八十五号）第六条。