出租车公司向使用本公司自有出租车的出租车司机收取的管理费，按照“交通运输服务”缴纳增值税，一般纳税人适用税率9%，小规模纳税人征收率3%。

政策依据：财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）文件附《销售服务、无形资产、不动产注释》1.(2)。