船舶吨税多缴税款的，分以下两种情况处理：

情况一：海关发现多征税款的，应当在二十四小时内通知应税船舶办理退还手续，并加算银行同期活期存款利息。

情况二：应税船舶发现多缴税款的，可以自缴纳税款之日起三年内以书面形式要求海关退还多缴的税款并加算银行同期活期存款利息;海关应当自受理退税申请之日起三十日内查实并通知应税船舶办理退还手续。

注：应税船舶应当自收到通知之日起三个月内办理有关退还手续。

政策依据：《中华人民共和国船舶吨税法》（中华人民共和国主席令第八十五号）第十七条。