企业转让代个人持有的限售股时企业所得税按以下规定处理：

一、企业转让限售股取得的收入，应作为企业应税收入计算纳税。限售股转让收入扣除限售股原值和合理税费后的余额为该限售股转让所得。

小贴士：

1、企业未能提供完整、真实的限售股原值凭证，不能准确计算该限售股原值的，主管税务机关一律按该限售股转让收入的15%，核定为该限售股原值和合理税费。

2、依照规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。

二、依法院判决、裁定等原因，通过证券登记结算公司，企业将其代持的个人限售股直接变更到实际所有人名下的，不视同转让限售股。

参考文件：《国家税务总局关于企业转让上市公司限售股有关所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第39号）第二条。