外贸企业从小规模纳税人处购买商品出口，取得代开的增值税专用发票是可以退税的。但退税率应按照增值税专用发票上的税率和出口货物退税率孰低的原则确定。

政策依据：《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税[2012]39号）第三条。