运输合同按照运输费用的万分之三计算缴纳印花税。
温馨提醒：自2022年7月1日起实施新印花税法，原印花税暂行条例“货物运输合同”（万分之五）变更为“运输合同”（万分之三）。
参考文件：《中华人民共和国印花税法》第二条：印花税应税凭证，是指本法所附《印花税税目税率表》列明的合同、产权转移书据和营业账簿。第四条：印花税的税目、税率，依照本法所附《印花税税目税率表》执行。