主要可以从以下几方面区分：

（1）综合所得汇算清缴是对居民个人取得的工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得进行的汇算清缴；经营所得汇算清缴是查账征收的个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人在中国境内取得经营所得并对其进行的汇算清缴；

（2）二者虽然都是针对个人所得税的汇算清缴，但是概念不同，也没有必然关系，两者之间的计算和申报也不受影响；

（3）如果同一个纳税人既涉及综合所得汇算清缴又涉及经营所得汇算清缴，需要分别办理；

（4）综合所得汇算清缴的办理时间为次年3月1日至6月30日；生产经营所得汇算清缴需要在次年3月31日前办理。