员工取得单位自产的商品，应当按照市场价格核定应纳税所得额。

参考文件:《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令 第707号）第八条：个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益；所得为实物的，应当按照取得的凭证上所注明的价格计算应纳税所得额，无凭证的实物或者凭证上所注明的价格明显偏低的，参照市场价格核定应纳税所得额；所得为有价证券的，根据票面价格和市场价格核定应纳税所得额；所得为其他形式的经济利益的，参照市场价格核定应纳税所得额。