农产品核定扣除是根据《农产品核定扣除增值税进项税额计算表》中计算的数据来抵扣的，并不是根据发票上显示的税额进行抵扣；如果取得的专票已经认证，进项税额是不需要在附表二录入的，可能会出现比对异常，若申报表出现了异常提醒，建议和当地税局确认一下处理方法。
注：农产品核定企业申报时是将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表(汇总表)》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料(表二)》第6栏的“税额”中。