情况一、建议联合体每个单位均与甲方签订合同，结合实际业务情况分别开票付款；
情况二、实务中存在甲方无法清楚乙方内部各自承担的比例，只认乙方牵头单位，乙方牵头单位收款并开具发票。乙方内部通过分包业务的形式，牵头单位给各方付款，各方给牵头单位开具发票。
注：针对情况二的实务处理，税法上是认可的；但是是否符合建筑法，建议和当地的建筑部门确定一下。