您企业的营业收入小于营业成本，且企税贡献率偏低，可能被税局怀疑存在隐匿收入，虚列成本的可能，容易引起关注，建议您核实下，是否有少计收入或者多计成本的情形，若存在合理原因，比如是市场因素、产品过期折价、疫情影响导致的成本大于收入，建议准备好账簿、凭证、发票等相关资料，以备税局要求做进一步解释说明哦。
此外，企税贡献率偏低您还可以结合企业实际情况，关注以下方面：
1、行业登记是否准确：若行业登记与实际经营业务不一致，建议联系税局变更行业。
2、税收优惠是否合理享受：若合理享受不征税收入、免税收入、所得税减免以及固定资产加速折旧等优惠，会使得贡献率偏低，建议留存相关资料备查，详细备查资料可以参考国家税务总局公告2018年第23号附件。
3、是否存在弥补以前年度亏损：若存在弥补以前年度亏损，也可能会导致贡献率偏低。