纳税人在缴回已退还的全部留抵退税款后，办理增值税纳税申报时，将缴回的全部退税款按照规定填写在增值税及附加税费申报表附表二第22栏“上期留抵税额退税”栏次，和附表五第8栏“当期新增可用于扣除的留抵退税额，均以负数形式填写（比如-1000），后续可以按规定进项抵扣。

提醒：具体申报时，缴回的全部退税款会自动从税局后台提取到附表二第22栏“上期留抵税额退税”和附表五第8栏“当期新增可用于扣除的留抵退税额”（均为负数），这部分可继续按规定抵扣进项税额（如数据下发有误，请联系税局工作人员处理）。

参考文件：国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告国家税务总局公告2025年第20号。