留抵退税不可以抵减预缴增值税下的附加税费计税依据，只能在机构所在地申报时填报抵减。

预缴增值税时填写《增值税及附加税费预缴表》，是按照异地需要预缴的增值税来缴纳附加税费，此时留抵退税不能抵减附加税费的计税依据，且无扣除栏次可以填写；只有在填写《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》附表五【新版增值税报表：增值税附表三《附加税费情况表》（一般纳税人适用）】时，填写到“留抵退税本期扣除额”列，用留抵退税抵减附加税费的计税依据。

参考文件：《财政部 国家税务总局关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》（财税[2016]74号）；《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）。