留抵退税不可以抵减预缴增值税下的附加税费计税依据，只能在机构所在地申报时办理扣除。
预缴增值税时纳税人应填写《增值税及附加税费预缴表》，是按照预缴的增值税来缴纳附加税费，此时留抵退税不能抵减附加税费的计税依据，且无扣除栏次可以填写；纳税人只有在填写《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》附表五时，可以用留抵退税抵减附加税费的计税依据。
政策依据：
1、《财政部 国家税务总局关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》（财税[2016]74号）规定：一、纳税人跨地区提供建筑服务、销售和出租不动产的，应在建筑服务发生地、不动产所在地预缴增值税时，以预缴增值税税额为计税依据，并按预缴增值税所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。
2、《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）。