农产品发票进项勾选时，根据发票的不同，有几下几类操作，您可以参考：

1、需先在“待处理农产品发票”模块处理后再勾选的农产品发票：

①税控系统中开具的自产农产品免税发票；

②从小规模处购进的3%农产品专票。

2、需要先在“抵扣勾选→代开农产品发票录入”模块进行补录，补录完成后，再进行勾选认证：个人在税局申请代开的农产品免税发票。

3、直接在“抵扣勾选”模块勾选认证的农产品发票：农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票/海关进口增值税专用缴款书、发票左上角有“自产农产品销售”标签的数电票。