农产品发票进项勾选时，根据发票的不同，有两大类操作，您可以参考：

1、需先处理的农产品发票：

①税控系统中开具的自产农产品销售发票；

②从小规模处购进的3%农产品专票；

③税局代开的农产品销售发票，需要通过电税的税务数字账户处→抵扣勾选→代开农产品发票录入进行补录，补录完成后，再进行勾选认证即可。

2直接勾选的农产品发票：农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票/海关进口增值税专用缴款书、通过数电系统开具的自产农产品销售发票（发票左上角有“自产农产品销售”标签）。