从小规模处取得的3%农产品专票，没有按照选择的“基础扣除率”9%计算，可以抵扣的税额比您计算的少，基本都是因为这个发票上，只有部分项目属于农产品的，非农产品的就按照实际的3%的税率计算税额了。

以下图的开票项目，给您举例：【方便食品韭叶碱面、皮牙子馕、馕、黄面、变蛋】这些属于经过加工的方便食品，通常会经过复杂的制作工艺、添加多种配料（如调味剂等 ），不属于初级农产品，是食品加工产品。那这部分就不能按照9%去计算税额了。(◕‿◕✿)~