计算增值税税负率时，应纳税额取的是扣除预缴税款之前的税额。
因为应纳税额是企业在此业务中整体下来的税收负担。可以把预缴理解为税收管辖权的平衡，预缴税款可以抵减机构所在地的申报税款，但是对于整体业务的实际税收负担不影响的。