情况一：如果分公司的高管人事关系是在总公司，则是由总公司计提发放工资，并代扣代缴个税，分公司无需进行账务处理。

情况二：如果分公司的高管人事关系在分公司，一般是由分公司计提发放工资，并代扣代缴个税。

1、分公司的账务处理

①计提工资

借：管理费用

贷：应付职工薪酬

②总公司实际发放工资时

借：应付职工薪酬

贷：内部往来

应交税费—应个人所得税

2、总公司的账务处理

借：内部往来

贷：银行存款