需要看A公司的组织形式，
情况一：A公司清算、注销后重新成立B公司，不涉及A公司的往来余额账列入B公司帐中。
情况二：先成立B公司，经债权人同意对A公司进行吸收合并，A公司无需清算，重组后直接注销，A公司的往来余额账列入B公司帐中，建议您最好到工商或者税务咨询一下。
注：个人独资企业对所承担的债务负有无限责任，有限责任公司对债务承担有限责任，往来余额账直接结转到B公司，有损债权人的利益。