个体工商户生产经营所得查账征收计税如下：
经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数
个体工商户生产经营所得，如果没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
注:个人独资和合伙企业的自然人投资者参照以上计税标准。
可以参考：新个人所得税法实施条例及过渡期政策纳税人常见疑问30答；中华人民共和国个人所得税法实施条例（中华人民共和国国务院令第707号）第十五条。