纳税人可扣除的公益性捐赠的计算基数，是未扣除捐赠额但已扣除专项扣除、社保、专项附加等之后的应纳税所得额。纳税人计算税款时，应以扣除捐赠额（如超过限额，按照限额扣）、专项扣除、社保等之后的余额，为应纳税所得额。

例如：公司职员小张2019年1月向市政府捐赠现金2000元，当月取得工资20000元，个人缴纳社保费1000元，专项附加扣除5000元，假设不考虑其他，当月预缴税款时，公益性捐赠扣除限额为（20000-5000-5000-1000）×30%=2700元，2000元没有超过限额，可全额扣除。

政策依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）第十九条；《中华人民共和国个人所得税法（2018年修正）》第六条。