总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例＝（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35＋（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35＋（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
温馨提示：软件中输入营业收入、职工薪酬、资产总额，分配比例会自动计算，各分支机构的分配比例之和为100%。
参考文件：国家税务总局2012年第57号公告第十五条