汇总纳税的分支机构按以下公式计算分摊税款：

1、所有分支机构分摊税款总额＝汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%

2、某分支机构分摊税款＝所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例

3、其中，某分支机构分摊比例＝（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35＋（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35＋（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30

小贴士：总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

参考文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第十四条、第十五条。