通行费电子发票中，征税发票与不征税发票的主要区别是：

1、征税发票是当您通过经营性收费公路时取得的，左上角标识“通行费”字样，且税率栏次显示适用税率或征收率，可以用于进项抵扣。

2、不征税发票在ETC充值或者通过政府还贷性收费公路时取得，左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”，不能用于进项抵扣。

注：政府还贷公路主要是各级政府的交管部门收费，经营性收费公路是企业来收费，所以取得的发票种类不同。

参考文件：交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局公告2020年第24号）第二条