商业折扣不能按照折扣后的金额直接开票，折扣后金额直接开票价格偏低，无法体现出公允价格，存在税务风险。应将价款和折扣额在同一张发票金额栏分别注明。

参考文件：《国家税务总局关于折扣额抵减增值税应税销售额问题通知》（国税函【2010】56号） 规定，纳税人采取折扣方式销售货物，销售额和折扣额在同一张发票上分别注明是指销售额和折扣额在同一张发票上的“金额”栏分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税。未在同一张发票“金额”栏注明折扣额，而仅在发票的“备注”栏注明折扣额的，折扣额不得从销售额中减除。