会计上：独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。其特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。非独立核算，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。其特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。
税务上：是否独立核算严格来说是会计上的核算要求，跟税务上没有必然的联系，但在实务操作中，可能和企业所得税是否汇总纳税有关系，备案独立核算的分支机构无法申请汇总纳税，只有备案非独立核算的分支机构才能进行汇总纳税备案，具体以所属税局的要求为准~对其他税种一般没有影响，根据企业实际情况申报即可，比如：增值税上根据企业备案的汇总纳税情况申报即可，无需考虑是否独立核算。