分公司无论是否为独立核算，只要从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该按规定到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有关税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。

参考文件：《中华人民共和国增值税法》第二十九条，《中华人民共和国增值税法实施条例》第四十二条。