同一张发票既进行了勾选认证又使用了扫描认证，这个没有影响的，不会涉及重复抵扣的问题。勾选平台会根据认证结果去重的，也建议您后期直接使用更为方便、高效的勾选认证替代原有扫描认证的方式。

政策依据：国家税务总局关于扩大小规模纳税人自行开具增值税专用发票试点范围等事项的公告（国家税务总局公告2019年第8号）第二条。​