员工因公出差住宿开具的住宿费增值税专用发票未用于免税、简易计税等不得抵扣的项目，认证后是可以抵扣进项的。

参考文件：《中华人民共和国增值税税法》第二十二条、《中华人民共和国增值税税法实施条例》第十九~二十四条；增值税法执行前参考的是财税【2016】36号附件一第二十七条、税总纳便函【2016】71号）附件一 一、第五问。