税务机关代开的增值税发票按规定是在备注栏加盖发票专用章。对于纳税人自开发票，可以加盖到发票上右下角的“销售方：（章）”处或者发票备注栏的位置。

参考文件：《国家税务总局货物和劳务税司关于做好增值税发票使用宣传辅导有关工作的通知》（税总货便函【2017】127号）。