可以抵扣的农产品发票包括：

​1、9%税率的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，以发票上显示的“税额”进行抵扣；

2、小规模纳税人开具的3%的农产品专票，以发票上注明的“金额”×9%抵扣；小规模纳税人开具的1%的农产品专票，仅能以发票上显示的“税额”进行抵扣；

3、免税的农产品普通发票，包括带有“自产农产品销售”标签的数电票，或税控系统开具的自产自销农产品免税发票，或在税局代开的自产自销农产品免税（或***税率）的发票，或购买方自行开具的农产品收购发票；均以发票上注明的“金额”×9%抵扣。

小贴士：

①从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋、种子、种苗等而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

②购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可以在生产领用环节加计扣除1%。

③如果农产品为核定扣除，则不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额。

参考文件：   财税【2017】37号第二条第一款；财税【2018】32号第二条；财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号第二条。