该提醒主要是防止有些不合规的企业在受票方不知情的情况下，恶意作废发票，比如有的企业存在为了平衡当期税负，开具发票后又进行作废等不合规的情形。由于系统无法判断开票方是否恶意，因此发现作废发票都会给出温馨提醒，建议您参考如下处理：

1、如果没有收到发票，比如可能对方发现发票开错作废了或者业务员发现开错已经退回，实际属于这种情况可以不用特殊关注该提醒。

2、如果已经收到发票，可以和开票方沟通，确认作废的原因，若属于正常原因，比如发票开错、销售退回等，可以留存可以证明业务真实性的资料。如有需要可以重新取得发票，以避免影响企业的进项抵扣（专票时）或税前扣除。

3、如果企业不知情的情况下对方存在大量作废的情况，建议关注并及时沟通原因，以免给企业带来税收损失。