纳税人已作废的发票也需要妥善保管。
参考文件：《国务院关于修改《中华人民共和国发票管理办法》的决定》第二十九条规定：“开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。”