纳税人既可以选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除，也可以选择年度终了后向税务机关办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除。如果直接在税务机关办理专项附加扣除，税务机关不会再告知扣缴义务人相关个人专项附加扣除信息。
参考文件：国家税务总局个税6项专项附加扣除纳税人常见疑问50答第四十七条；参考文件：国家税务总局关于修订发布《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2022年第7号）；个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）。