物流支付的赔偿款需要区分以下情况处理，您可以参考下：

情况一：如果公司为货物购买了保险，账务处理如下：

1、发生货物毁损，公司垫付赔偿款：

借：其他应收款--保险公司

贷：银行存款

2、保险公司赔付公司垫付的款项时：

借：银行存款等

贷：其他应收款--保险公司

如果有差额，需要按照具体的情况将差额部分计入管理费用、销售费用、营业外支出等科目。

情形二：如果公司没有为货物购买保险，需要按照具体的情况计入管理费用、销售费用、营业外支出等科目。