企业收到运输公司在运输过程中造成货物毁损支付的赔偿，在进行增值税处理时，实务中存在争议，您可以参考以下情况：
①若该赔偿款实质上属于运输公司购买了企业的货物，企业收到赔偿款需要正常按照销售货物缴纳增值税，此时被毁损的货物不用做进项税额转出；
②若实质上不构成销售货物时，企业收到的赔偿款一般理解是不需要缴纳增值税的；被毁损的货物是否需要做进项税额转出，存在争议，有的观点认为，属于管理不善的一种，需要做进项税额转出；有的观点则认为属于运输公司运输途中毁损了，并不属于企业管理不善的范围，不做进项税额转出，具体还是要以当地税局的要求为准~