分公司注销一般有两种方式：

1、分公司自行清算，结清债权债务，结清税款，最后将净资产或负债转移给总公司；

2、分公司将原有存货等资产、债权、债务以及劳动力一并转入总公司。

不论采用以上哪种方式，分公司注销一般都不需要等汇算清缴结束。因分公司不具有法人资格，企业所得税是法人税，由总公司统一汇算清缴，最终的法律责任是由总公司承担的。分公司把资产负债等结清或者转移给总公司后即可办理。

注：各地执行不一，建议以当地税局要求为准。