现金支票存根联丢失以什么凭据入账，在政策上没有明确规定，实务工作中有以下两种处理方式：

第一种：写一份书面证明。如：因某种原因不慎丢失一张支票存根，支票号是多少，签发日期，收款人，金额，到开户银行确认，情况属实,银行加盖业务章，以盖章后的证明及银行流水做作为入账的原始凭证；

第二种：可以填写现金支票存根联丢失报告单，同时注明该张支票号及用途，跟银行沟通给您出具一份该张支票兑付的复印件，凭复印件及银行流水作为入账的原始凭证。

注：具体可以向您所属税局/银行咨询确认。