母子公司应该独立核算纳税。

会计上，母公司无偿豁免子公司的债务属于企业接受控股股东或控股股东的子公司直接或间接的捐赠，从经济实质上判断属于控股股东对企业的资本性投入，应作为权益性交易，相关利得计入子公司的资本公积。

但是税法上子公司仍然是要纳税的。在填写负债清偿损益明细表的时候，应付账款的计税基础填写账面价值，清偿金额填写0，形成负债清偿所得。