总分公司各自挂账就可以的，在申报财务报表的时候，汇总纳税企业总公司需要合并申报财务报表，会相互冲销；
分公司申报的时候可以把内部往来期末余额填列到其他流动资产、其他非流动资产、其他流动负债、其他非流动负债项目中。
注：月末内部往来一定要对平，否则合并报表时对销不了。