卷烟批发企业的纳税地点为机构所在地，总机构与分支机构不在同一地区的，由总机构申报纳税。

政策依据：《财政部 国家税务总局关于调整烟产品消费税政策的通知》（财税〔2009〕84号）规定：“二、在卷烟批发环节加征一道从价税。

（八）纳税地点：卷烟批发企业的机构所在地，总机构与分支机构不在同一地区的，由总机构申报纳税。