保险公司在开具保险费增值税发票时，代收的车船税金额已经在发票的备注栏注明，可以凭该发票作为缴纳车船税的凭证，账务处理如下：

1、计提车船税：

借：税金及附加

贷：应交税费—应交车船税

2、支付款项：

借：预付账款（保险费部分）

其他应付款（车船税部分）

贷：银行存款

3、保险生效取得发票：

借：管理费用

应交税费—应交增值税（进项税额）（若涉及）

应交税费—应交车船税

贷：预付账款

其他应付款