保险公司在开具保险费增值税发票时，代收的车船税金额已经在发票的备注栏注明，可以凭该发票作为缴纳车船税的凭证。

您可以参考：《国家税务总局关于保险机构代收车船税开具增值税发票问题的公告》（国家税务总局公告2016年第51号）。