在经营所得中扣除公益捐赠支出，应按以下规定处理：

1、个体工商户发生的公益捐赠支出，在其经营所得中扣除。

2、个人独资企业、合伙企业发生的公益捐赠支出，其个人投资者应当按照捐赠年度合伙企业的分配比例（个人独资企业分配比例为百分之百），计算归属于每一个人投资者的公益捐赠支出，个人投资者应将其归属的个人独资企业、合伙企业公益捐赠支出和本人需要在经营所得扣除的其他公益捐赠支出合并，在其经营所得中扣除。

3、在经营所得中扣除公益捐赠支出的，可以选择在预缴税款时扣除，也可以选择在汇算清缴时扣除。

4、经营所得采取核定征收方式的，不扣除公益捐赠支出。

政策依据：《关于公益慈善事业捐赠个人所得税政策的公告》（财政部 税务总局公告2019年第99号）第六条。