单位组织员工为疫情捐款后，并通过公益性组织或者县级以及人民政府等相关部门捐款，应当留存公益性组织等捐款部门开具的汇总捐赠票据以及员工个人捐款明细，在个人所得税税前扣除。
参考文件：《财政部 税务总局关于公益慈善事业捐赠个人所得税政策的公告》（财政部 税务总局公告2019年第99号）执行，即机关、企事业单位统一组织员工开展公益捐赠的，纳税人可以凭汇总开具的捐赠票据和员工明细单扣除。