一般纳税人购进农产品，取得小规模纳税人开具的1%税率的增值税专用发票，不可以按照9%的扣除率计算抵扣进项税额；如果销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减按1%征收增值税的政策，开具3%征收率的增值税专用发票，公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，可以按9%的扣除率计算抵扣进项税额。
参考文件：(财税[2017]37号)第二条；（财税[2018]32号）第二条；（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条、国家税务总局留言问答。

一般纳税人购进农产品，取得小规模纳税人开具的1%税率的增值税专用发票，不可以按照9%的扣除率计算抵扣进项税额；如果销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减按1%征收增值税的政策，开具3%征收率的增值税专用发票，公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，可以按9%的扣除率计算抵扣进项税额。
参考文件：(财税[2017]37号)第二条；（财税[2018]32号）第二条；（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条、国家税务总局留言问答。