我们可以大致把应纳税所得额的计算过程分为三大步骤：
查账征收的经营所得，和企业所得税的计算方式类似，也是采用一种倒算的方法，先把被投资单位的利润总额计算出来，然后再进行纳税调增、调减。计算出纳税调整后所得，减去弥补以前年度亏损后，乘以合伙人的分配比例，相当于第一大步骤是计算出了投资者从被投资单位分得的所得。
第二大步骤是用上述所得减去投资人减除费用6万元，专项扣除、专项附加扣除、其他扣除，允许扣除的捐赠后，就是投资人经营所得的应纳税所得额。
第三大步骤就是用应纳税所得额，计算出应纳税额，然后减去减免税额、已缴税额，算出应补退税额
小贴士：既有综合所得又有经营所得的纳税人，可以选择在经营所得或综合所得中扣除减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除、其他依法确定的扣除，不得重复扣除。——（国家税务总局公告2023年第3号）第四条